Metro Bilbao ha evaluado los riesgos que se pueden dar en el conjunto de la explotación:
Así, se ha elaborado un Plan General de Protección donde se analizan todas las situaciones de emergencia y la forma de solucionar dichas situaciones.
Hacemos referencia a una serie de instalaciones del metro de Bilbao que dan respuesta a estas situaciones de emergencia:
En cada estación existe una central de detección incendios.
La totalidad del recorrido bajo tierra está dotado de dos pasillos de evacuación.
En la totalidad del tramo subterráneo existe una columna seca para suministro de agua en casos emergencia.
Además del sistema de columna seca, todas las estaciones soterradas están dotadas de 4 B.I.E.. alimentadas por la red de agua potable.
El metro cuenta con dos sistemas de ventilación, uno de acción permanente y otro de emergencia. El de acción permanente es un sistema de ventilación bajo andenes. El sistema de ventilación de emergencia permite, en caso de incendio, la correcta evacuación del personal por vías libres de humo y con temperatura controlada.
Cada estación del tramo tiene instalados dos pozos de bombeo.
Tres compuertas anti-inundaciones de accionamiento hidráulico protegen las estaciones de los dos pasos subfluviales de El Arenal y Olabeaga.

